近年有越來越多的研究指出冷凍胚胎移植有較高的妊娠率。提出一個將所有胚胎全部冷凍的方案，以降低卵巢過度刺激綜合症（OHSS）的風險但又不會影響妊娠率，這對患有多囊卵巢症（PCOD）的女士尤其重要。初步資料顯示，由冷凍胚胎移植產生的單胎妊娠，其產前出血、早產、宮內發育遲緩和圍產期發病的風險較低。

雖然冷凍胚胎移植可以避免受到過多雌二醇和孕酮的影響，營造一個更接近自然的子宮環境，從而有更高的妊娠率和活產率，但亦不應盲目跟從，一方面，不是所有生殖中心都具備良好的冷凍技術或較高冷凍胚胎移植的妊娠率；另一方面，大約有百分之十的胚胎未必能在冷凍和解凍的過程中存活。除此以外，有關將所有胚胎都冷凍的資料有片面性，因為卵巢反應太差的女士不會被納入研究範圍當中，而選擇將所有胚胎都冷凍的大多是有較好的預期結果、較年輕、有較好的卵巢反應以及有較多優質胚胎的女士。

在自然週期中，確認排卵時間後就可已將解凍的胚胎移植入子宫腔内。若女方不能自主地排卵，可以口服藥物誘導排卵；或者用荷爾蒙替代療法將子宮內膜營造成更適合胚胎著床的環境。冷凍胚胎移植中，自然週期的成功率與藥物誘發週期的成功率並沒有統計學差異。